人類自古對天空著迷，因此逐漸創造許多高科技的飛行機械，最後人類創造了飛行城市與要塞。後來飛行城市被毀，倖存的人們返回地面。最後只剩下一個稱為 Laputa 的飛行城市仍然留在空中，隱藏在激烈風暴的雲層中。大部分的人認為它是虛構的，而有些人則相信它是存在的，並且試圖尋找這座古代的城市。

有一天，在礦場工作的少年 Pazu 發現一位少女從天而降，於是 Pazu 將這位名叫 Sheeta 的少女安置在家中。Sheeta 擁有一個藍色的結晶，據說可以保佑她的安全。但是軍隊與海盜都在覬覦這塊稱為飛行石的寶石，Pazu 與 Sheeta 於是開始逃亡。後來軍方捉到了 Sheeta 並且得到飛行石，Pazu 雖然救回 Sheeta 但是飛行石仍然落入 Muska 的手中，因為飛行石仍夠指引前往 Laputa 的方向，於是 Muska 大佐隨後率領軍隊準備前往 Laputa 而統治世界。Pazu 與 Sheeta 為了搶回飛行石並阻止他們，於是搭上了海盜的飛船前往 Laputa…

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